汽车臭氧消毒弊端是容易留下化学残留物，造成潜在的危害，同时对汽车部件也有一定程度的损害。化学消毒液一般都具有腐蚀性和漂白性，使用时需要小心汽车内饰和金属部件。

如果长时间使用臭氧消毒会使车内橡胶老化。而且汽车装饰美容店的臭氧机质量良莠不齐，每次消毒的价格也高低不等。二氧化钛只有在紫外线的照射下才能产生作用，而紫外线对人体有一定的伤害。有些车贴的太阳膜会阻隔掉紫外线，因此会影响光触媒消毒的效果。