合肥工业大学是教育部直属的211,南昌大学是省属211;合肥工业大学的学科门类不如南昌大学齐全,南昌大学是综合性大学,很多专业合肥工业大学根本没有;南昌大学的优势专业是材料成型及控制工程、通信工程、医学影像学、汉语言文学、生物科学、计算机科学与技术、工商管理、食品科学与工程、软件工程;合肥工业大学的优势专业是信息管理与信息系统、车辆工程、资源勘查工程、电气工程及其自动化、测控技术与仪器、机械设计制造及其自动化、制药工程、食品科学与工程、新能源材料与器件、物联网工程、材料成型及控制工程、建筑学、土木工程。希望以上信息对你有帮助。