上世纪90年代,46路开通投入运营(金尚车站←→ 火车站)。
2007年01月09日起,因 梧村汽车站地下通道和商业街工程的开展,公交线路将进行调整:由莲坂往 火车站方向46路线路,终点不再行至火车站大广场或小广场停靠,改为在湖滨东路与厦禾路的交叉口调头,停靠在湖滨东路华星大厦一侧的临时停靠站点上下客后即返程运行。
2007年04月30日起,因春运需要而调整到火车站广场发车的46路公交线路:调回湖滨东路公交临时站点处发车。
2008年09月29日起,为配合搞好 梧村汽车站地下商业街工程施工,从2008年09月29日至工程施工结束期间,途经厦禾路梧村汽车站路段和进入火车站大、小广场的公交线路、班次将进行调整。46路公交线路减少班次,按原线路运行。
2010年09月26日起,为配合湖东路口红绿灯启用,原湖东公交临时发车点将取消,火车站片区部分公交线路运营方案同时调整。还有46路公交在 火车站大广场始发、停靠的线路。
2011年01月18日起,原火车站大广场的站牌移至湖东路的“火车站”公交站点(湖东路西侧,原中闽酒店前)。
46路〈金尚车站—火车站﹝湖东﹞〉
沿途站点:上行:金尚车站→后坑路口→南洋学院→忠仑→公路征费中心→ 泰和花园→莲花三村→吕厝→宝龙中心→莲花路口东→莲坂国贸→ 火车站(湖东)。下行: 火车站(湖东)→湖东路东→莲坂外图书城→莲花路口东→宝龙中心→吕厝→莲花三村→ 泰和花园→公路征费中心→线务局→忠仑→南洋学院→金尚小区→金尚车站
2、增减停站点:增停:莲坂国贸(上行)、 火车站(湖东路)、湖东路东(下行)、莲坂外图书城站(下行);减停:莲坂外图书城(上行)、湖东(上行)、 火车站(大广场)、双涵路口(下行)、莲坂国贸站(下行)。
3、首末班时间:金尚车站首班06:00末班22:30,火车站首班06:25末班22:40。
2011年12月23日起,金泰路原“南洋学院站”更名为“金尚中学站”。
2012年03月30日起,调整46路延伸至 湖边花园始发( 湖边花园A区站←→ 火车站)。
1、线路走向: 湖边花园始发经金山路、仙岳路接原线路往 火车站。
2、增停站点: 湖边花园A区站、万达西、湖边花园北、湖边、金山、后坑、前坑站。往 湖边花园方向减停金尚车站。
3、沿途站点:上行:湖边花园A区→万达西→湖边花园北→湖边→金山→前坑→金尚车站→后坑路口→金尚中学→忠仑→公路征费中心→泰和花园→莲花三村→吕厝→宝龙中心→莲花路口东→莲坂国贸→火车站(湖东)。下行:火车站(湖东)→湖东路东→莲坂外图书城→莲花路口东→宝龙中心→吕厝→莲花三村→泰和花园→公路征费中心→线务局→忠仑→金尚中学→金尚小区→前坑→后坑→金山→湖边→湖边花园北→万达西→湖边花园A区。
4、首末班时间: 湖边花园首班06:00末班22:30,火车站首班06:25末班22:40。
2013年03月05日起,吕岭路原“莲花三村站”更名为“ 报业大厦站”。
2014年06月26日、27日两天,每日09:00~11:25,湖里区万达广场举行“2014年厦门市公众聚集场所安全生产事故应急救援综合演练”,届时金山路(仙岳路口至垃圾处理中心入口处)禁止车辆通行,仙岳路的云顶中路口至金山路口段的辅道封闭(往 翔安隧道方向),受影响的46路公交线路调整如下:46路线路截短至金尚车站。
2015年04月19日起,吕岭路宝龙天桥到金尚路一段,将进行污水排放管道工程施工。受施工影响,报业大厦站、江头市场站、公路征费中心站将取消停靠或设置临时停靠点。 报业大厦站(往吕厝方向)将在原报业大厦站点往吕厝方向过了台湾街路口处,增设一处临时停靠站。46路改为停靠该临时站点。
2015年05月16日起,因轨道1号线施工,湖滨东路福联路口的东进口实行禁左措施,同时往莲坂方向的湖东路东站和莲坂外图书城站实行分站停靠:分站停靠:湖东路东站(往莲坂方向),停靠线路为湖滨东路右转湖滨南路的46路线路。
46路( 湖边花园A区站←→ 火车站﹝湖东﹞)
线路走向:
上行: 湖边花园A区站始发,经金钟路、金山路、仙岳路、金泰路、吕岭路、嘉禾路、 厦禾路、湖滨东路至 火车站﹝湖东﹞。
下行: 火车站﹝湖东﹞始发,经湖滨东路、湖滨南路、嘉禾路、吕岭路、金泰路、金昌路、金尚路、仙岳路、金山路、金钟路至 湖边花园A区站。
46路 岛内线路 湖边花园A区站[首班06:00末班22:30]←→ 火车站﹝湖东﹞[首班06:35末班23:05]
跨段站点: 湖边花园A区—— 火车站﹝湖东﹞
票价:上车1元,全程1元,E通卡8折优惠。
湖边花园A区站→万达西站→ 湖边花园北站→ 湖边站→ 金山站→前坑站→金尚车站→后坑路口站→金尚中学站→忠仑站→公路征费中心站→ 泰和花园站→ 报业大厦站→吕厝站→ 宝龙中心站→莲花路口东站→莲坂国贸站→ 火车站﹝湖东﹞
火车站﹝湖东﹞→湖东路东站→莲花路口东站→ 宝龙中心站→吕厝站→ 报业大厦站→ 泰和花园站→公路征费中心站→线务局站→忠仑站→金尚中学站→金尚小区站→前坑站→后坑站→ 金山站→ 湖边站→ 湖边花园北站→万达西站→湖边花园A区站