在早期的分类中,爪哇鼷鹿在1940年曾被Chasen归类为大鼷鹿(现称“”)。然而,爪哇鼷鹿实际上是一种小型鼷鹿,VanBemmel在1949年因此将之归类为小鼷鹿(现称“”)。直到2004年,Meijaard与Groves的研究认为隔绝在爪哇岛上的鼷鹿明显与其它地方的小鼷鹿不同,应归类为独立物种。