上游指的是目的基因获得、载体建立、连接、转入合适的宿主细胞、筛选、克隆表达和优良生物物种的选育、基因工程、细胞工程、生物反应过程(酶反应、微生物发酵、动植物细胞培养等)
下游指的是目标产物的分离纯化过程。