仁蚌巴、藏巴汗崇尊噶玛派,对新兴的格鲁派采取压抑的政策。格鲁派又称黄教,由宗喀巴在十四世纪末创立,该派在拉萨地区建有甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺,在后藏建有扎什仑布寺,为该派四大主寺。第三世达赖活佛转世以后,他联络蒙古地方势力,壮大了自己势力,名声大振,成为与噶玛噶举派抗衡的主要力量。第七世噶玛巴就曾在仁蚌巴的支持下,1498年夺得了由格鲁派创立的一年一度的拉萨传召大会的主持权,一直到1517年,都禁止格鲁派的甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺的僧人参加传召大会。噶玛巴还在仁蚌巴的支持下在哲蚌寺、色拉寺以及后藏的扎什伦布寺的旁边建有新噶玛寺,以便控制格鲁派的发展。
当时格鲁派僧人见了噶玛派僧人都要礼敬,在噶玛势力强大的地方,格鲁派僧人得戴内外两种颜色的僧帽,内为自宗黄色,外为噶玛派黑(红)色,以便随机改变僧帽颜色,以示服从。噶玛政权建立以后,对格鲁派更是采取高压手段,四世达赖云丹嘉措,拒绝为藏巴汗受戒,逃到了阿里,园寂后,噶玛政权不准其转生。藏巴汗得了重病,医治无效,四世班禅给他治好了病,藏巴汗才答应四世班禅的请求,准许寻找达赖灵童,但迎接灵童坐床时,藏巴汗拒不参加庆典。这样,噶玛巴与达赖之间矛盾日益突出,多次发生武装冲突。格鲁派请蒙古喀尔喀部带兵攻打藏巴汗,藏巴汗派兵反攻,攻下色拉寺、哲蚌寺,在后山上杀死僧俗人众五千余人。往后,双方又多次发生战争。
1640年,五世达赖、四世班禅密商,邀青海蒙古固始汗入藏击败藏巴汗,将藏巴汗监禁在乃乌庄园,准备给他少量庄园维持生活,后来在战俘中噶玛巴公馆的厨师曲英的衣襟中搜出的文件里,发现了噶玛派红帽系、黑帽系活佛和藏巴汗联合,打算把拉萨三大寺等格鲁派寺院全部摧毁,把班禅和达赖监禁到工布地区的计划,上面有噶玛巴等人盖的印,于是把藏巴汗用羊皮缝裹投入乃乌庄园附近的雅鲁藏布江中。第十世噶玛巴却英多杰则由拉萨逃到洛札地区。固始汗摧毁了各地噶玛噶举寺院,并在所有噶玛噶举派僧人手上打上印记点交给格鲁派寺院,于是第十世噶玛巴却英多杰又从洛札经工布逃到云南纳西族土司那里。固始汗占领西藏,推翻噶玛政权统治,拥立五世达赖建立噶丹颇章政权之后,噶玛派在西藏各地的势力并未完全崩溃,仍在组织武装暴动,进行反抗。五世达赖和固始汗受到清政府的赐封,总榄西藏政教大权,噶玛巴驻锡的楚布寺被迫承认格鲁派对此寺的管辖权,由达赖喇嘛派译仑一名僧官住此寺,以示监督。
噶玛政权,建立于明朝末年,那时正值义军四起,满清雄踞,明朝政府无暇顾及,未及封赐,它只存在短短的二十四年。