在次级代谢的产物中,对维持生命占有重要地位的并不少,但另一方面,各种动植物和微生物所大量积累的生物碱、类萜(terpenoid)、酚类、抗菌物质、色素等,其生理意义并不完全清楚。次级代谢产物许多是在胚胎发育的特定时期以及其他特定组织中产生的,所以产物在经济效益上以及对生物体性状表现的调节在研究上都被看成是重要的。
次级代谢是在一定的生长时期(一般是稳定生长期),微生物以初级代谢产物为前体合成的对微生物本身的生命活动没有明确功能的物质的过程。