渔万岛过去是一座荒芜的岛屿,后来从外地迁来居民,因居民是打鱼为生,然在岛北部成了叫为渔洲萍的村落,在岛南部形成了东头村,地名叫白沙万,于是岛民们称此岛为“渔万岛”,原属防城县公车乡。
1968年3月始建海港,名叫“沙万港”,作为秘密援越的港口。
1972年,周恩来同志批示隐蔽扩建。
1984年,由国家批准随同北海市作为一个整体,列为中国14个对外开放的沿海城市之一。
1985年,设立地级建制的防城港区,由自治区领导。
1993年5月,国务院批准设立地级防城港市,原防城港区改为港口区,做为防城港市的一个市辖区,市政府和区政府都建在港口区的渔万岛上。