曾任中共杭州市委办公厅秘书二处处长、人事处处长、机关党委副书记,杭州市政府办公厅党组副书记。
2007年7月,任中共杭州市委办公厅副主任、中共杭州市西湖区委副书记。
2014年11月至2017年6月,任杭州市行政审批服务管理办公室(杭州市公共资源交易管理委员会办公室)党组书记、主任。
2019年1月至2022年2月,任杭州市人民政府办公厅主任、人民政府副秘书长。[1][2]
2014年11月,马杭军拟任(提名)杭州市行政审批服务管理办公室(杭州市公共资源交易管理委员会办公室)党组书记、主任。
2017年6月,杭州市人民政府决定,免去马杭军的杭州市行政审批服务管理办公室(杭州市公共资源交易管理委员会办公室)主任职务。
2019年1月,杭州市十三届人大常委会第十六次会议通过:任马杭军为杭州市人民政府办公厅主任。[3]
2019年1月8日,杭州市人民政府决定,任命马杭军为杭州市人民政府副秘书长。[4]
2022年2月12日,杭州市人民政府决定,免去马杭军的杭州市人民政府副秘书长职务。[1]
2022年2月18日,杭州市第十三届人民代表大会常务委员会第四十二次会议通过,决定免去马杭军的杭州市人民政府办公厅主任职务。[2]