1972年,毕业于香港大学。
1995年,获香港中文大学博士学位。
2003年,当选为中国科学院院士。
2011年,出任香港中文大学和声书院首任院长。
刘允怡创建了香港中文大学肝移植中心和肝癌诊疗研究组。在国际上首先提出以“肝段为本”的肝切除方法,即根据血液供应和胆管引流特征提出肝背扇区分为解剖亚区的概念,对肝癌和肝门胆管癌根治切除和劈裂性肝移植均有实际的临床指导意义。统一了国际上在肝脏解剖和肝切除手术的规划名称。率先应用钇90微粒为晚期肝癌治疗,显著提高了生存率。应用化疗、免疫联合治疗使不能切除的肝癌能以手术切除。很早开展活体肝移植手术,是香港和东南亚地区肝移植的创始人之一。
2003年当选为中国科学院院士。