1992年10月,根据中央军事委员会批复组建海口警备区,隶属于中国人民解放军海南军区。
1992年11月,海口警备区正式成立[1]。
1993年1月,经中国共产党海南省委员会和海南军区党委讨论决定,撤销海口市人民武装部,分别成立海口市新华区、振东区和秀英区人民武装部(均为副县处级),受区委、区政府直接领导,业务上受海口警备区领导。1月18日,新华区人民武装部、振东区人民武装部和秀英区人民武装部成立。新华区人民武装部下设军事、政工、后勤科,1993~1996年干部编制9人,设部长、政委、副部长各1名,下辖基层武装部29个。振东区人民武装部下设军事、政工、后勤科,设部长、政委各1名。1993~1996年下辖基层武装部18个。秀英区人民武装部下设军事、政工科和办公室,至1996年下辖基层武装部13个。
1996年4月1日,新华区、振东区和秀英区人民武装部改归部队建制,受海口警备区直接领导。
海口警备区成立至今,先后经历了2次编制调整[1]。