红莲岛

神奇宝贝屋是红莲岛上一座古老已被而焚毁大半的公馆，因一位著名的神奇宝贝学者曾在此居住而得名。神奇宝贝屋分为4层，按动超梦雕像中隐藏的机关可以打开不同的门。在赤绿青黄与火红叶绿中，若要进入红莲道馆则必须先前往大宅，找到用来打开道馆大门的秘密钥匙。宅第中已经成了盗贼的圣地，许多盗贼在此寻找遗落在这里的值钱物件，如果与玩家遭遇，他们便会发起挑战。在这古旧的大宅里可以找到曾在此工作的研究员留下的信息，其中提及他们曾经得到过一只梦幻，并利用它孕育了进行过基因改良的超梦，而超梦在逃走时毁坏了这栋建筑。^[2]

神奇宝贝研究所是红莲岛上的一所科研机构，由红绿蓝黄版及火红叶绿版中的富士博士创建。在神奇宝贝研究所第一间房间里可以进行神奇宝贝交换，年长者处可以用雷丘交换顽皮弹，小女孩处则可以用毛球交换蔓藤怪。第二个房间里的男子在火红叶绿版中会向主角的一只神奇宝贝传授挥指功，在红绿蓝黄版中会将技能学习器35（挥指功）赠给玩家。第三个房间里有一位研究员可以把从月见山和尼比科学博物馆得到的化石复活，另一个NPC处可以用小火马交换小海狮。希鲁夫公司里有一份神奇宝贝报告中提到神奇宝贝研究所创造了3D龙。^[2]