南京市第三十九中学(3)拥有200米环形跑道的田径场和1600平方米的室外篮球场、排球场,建有现代化教学大楼三幢、办公实验楼二幢、功能完善的室内体育馆一座,拥有设施齐全的现代化计算机教师、语音室、理化生实验室、多功能教室、图书馆、教师阅览室和学生阅览室;还有配套的食堂、餐厅。2000年4月份学校被评为南京市重点中学。
学校全面贯彻党的教育方针,以“明理求真”为校训,逐步形成“勤学创新文明守纪”的校风、“治学严谨诲人不倦“的教风和“求学刻苦做人求真“的学风。
学校德育工作成绩显著,于2000年12月顺利通过南京市德育先进学校的验收;智育工作常抓不懈,初中教学质量一直稳步提高,体育工作已形成以篮球、排球、田径以及击剑为重点,其他项目全面发展的特色,校篮球队、排球队、田径队多次在市运动会上获得优异成绩;多年来,学校先后向高一级学校输送了一批又一批体育优秀人才。特别是校击剑队,曾荣获省和市多次奖项。高中艺术类教学教育特色鲜明、硕果累累,学校已培养出一大批音乐、美术类大学生。学校连续多年被市、区评为“文明学校”、“先进集体”、“体育传统项目学校”等。
学校不断加强与国外中学的教育教学研究与交流,先后与美国、澳大利亚、新西兰等国家的中学建立了友好关系,并经常开展双边交流活动。
2020年6月,被评为2019年江苏省健康促进金牌学校。
学校决心再用2-3年时间,创建成高质量、有特色、规范化、现代化的省级重点初中,为培训更多富有竞争力和创造性的人才而努力奋斗。