1976.08—1978.02 河南郑州十八里河农场工作
1978.02—1982.12 河南中医学院医疗系学习
1982.12—1987.11 河南中医学院学生辅导员、系党总支干事、学院组织部秘书
1987.11—1991.12 河南中医学院组织部副部长
1991.12—1994.11 河南中医学院一附院党委书记
1994.11—1998.11 河南中医学院党委副书记兼一附院党委书记
1998.11—2002.08 新乡医学院党委书记兼院长(期间,2001.02—2002.01在中央党校第17期中青班学习)
2002.08—2003.02 新乡医学院党委书记
2003.02—2008.09 河南省卫生厅厅长、党组书记(期间,2001.09—2003.07在中央党校政治理论专业研究生学习;2008.03—2008.07在中央党校第24期中青班学习)
2008.09—2012.08 国家中医药管理局党组成员、副局长
2012.08—2015.06 国家中医药管理局党组成员、副局长、直属机关党委书记
2015.06—2018.10 国家中医药管理局党组成员、副局长(期间,2017.09—兼任世界中医药学会联合会主席)[1][3]
第十三届全国政协委员。
2018年3月15日,马建中任全国政协提案委员会委员。[1]
2018年6月7日,国务院对国务院防治艾滋病工作委员会组成人员作了调整,为国务院防治艾滋病工作委员会委员。
2018年10月,国务院任免国家工作人员,免去马建中的国家中医药管理局副局长职务。[2]