1991年时由于九州新干线鹿儿岛线即将开工,意味着原本一度是九州西岸南北向主干线的鹿儿岛本线将失去干线的重要性,而有被废线的可能。为了维持沿线城镇的发展,在原本拥有鹿儿岛本线经营权的九州旅客铁道(JR九州),与铁道沿线熊本县与鹿儿岛县境内9个县级、市级与町级自治体的协调之下,决议由JR九州拨让出既有的路线与沿线设施,交由新成立的第三部门业者(也就是日后的肥萨橘子铁道公司)经营,来作为允许九州新干线开工兴建的交换条件(根据日本相关法规,新铁道路线的开通必须获得平行路线沿线自治体的全部首肯,才能开始修筑)。
2002年九州新干线鹿儿岛线南段、新八代~鹿儿岛中央之间通车在即,9个县市镇自治体与原本和JR九州共用鹿儿岛本线的JRF合资21亿2千万日圆,正式在10月31日时成立肥萨橙铁道公司,公司总部设于熊本县八代市萩原町1丁目1番地。2004年3月13日九州新干线启用,JR九州正式退出鹿儿岛本线八代~川内段的经营,该路段旋即改名为“肥萨橙铁道线”开始营运。
采第三部门(非营利法人)方式经营的肥萨橙铁道共拥有10个股东,其中9个是具有官方地位的地方自治体,而唯一的1个民营公司股东则是原本日本国铁(JR)拆散后又改制为民营的日本货物铁道。这10个股东分别为:
肥萨橙铁道的公司名称全都取材于沿线当地的风土民情,其中“肥”与“萨”分别代表附近地区的古代国名——肥后国与萨摩国——的首字,再加上沿线与风光明媚的海岸线连在一起的蜜柑等柑橘类水果产地,组合成非常具有地方味道的公司命名。
至于由建筑家川西康之所设计的企业识别标志,则是以两个橙排成像是火车车轮般的形状作为基础,中间的叶子则是依照沿线各车站的位置排列,并采用绿色的配色以表达该公司认为铁道运输应能与环境友善并存的理念。
肥萨橙铁道公司目前只有一条路线,称为肥萨橙铁道线,营运区间介于熊本县境内的八代与鹿儿岛县境内的川内之间,共116.9公里长。但为了方便列车接驳,部分列车会驶入目前还是由九州旅客铁道经营的新八代(九州新干线和鹿儿岛本线交会站)与隈之城(鹿儿岛本线)站内。
肥萨橙铁道线全线皆采电气化设置,但因交流电电车的造价太高,不符合成本效益关系,该公司本身却只使用柴油车作为营运车辆,之所以保留电气化主要是因应日本货物铁道的列车通过时的供电需要。
肥萨橙铁道线全线共设有28个车站,但其中只有10个车站设有站务人员看管,其余的18个站全为无人车站。
肥萨橙铁道公司目前拥有19辆由新潟交通系统公司(新潟トランシス株式会社)承包制造的柴油车,其中17辆是一般的动力客车,2辆是活动专用车。平时大都采用自行车单人驾驶(ワンマン運転)的方式营运,但必要时最多可以组成三辆一列的编组(编成)来行驶。最高营运车速为95公里/小时。