以夫婿钱橙山医师的诊所做为从政的根据地,在“建国党”时,曾任“国民大会代表”。后加入“台湾团结联盟”,2001年由该党提名参选台南市“立法委员”选举,当选第五届“立法委员”,但于2004年竞选时失利,普遍认为是与民主进步党操作配票时失误造成高票落选,败选后转任“总统府”有给职“国策顾问”。
2005年中国台湾地区“任务型国代”选举时接受“台联”国代提名并排名第七位当选“国民大会代表”。
2005年“台联”征召钱林慧君参选2005年中国台湾地区地方公职人员选举以人生最后一场选举做号召参选台南市长,但唯仍失利。之后在“台联”第三任主席黄昆辉的邀请下,钱橙山出任新“台联”的秘书长,接替参选高雄市长失利的“立法委员”罗志明,钱林慧君也随其夫婿钱橙山北上。
2008年中国台湾地区“”立法委员选举,钱林慧君接受“台联”不分区“立委”提名再次参选公职,为“台联党”不分区“立委”参选者第五名,但并未当选。
2008年台湾地区“总统”选举与夫婿钱橙山共同为马英九站台,也因为钱林慧君与钱橙山的支持,马英九在台南市的得票转为小赢6,219票。但因站台违背“台湾团结联盟”决议,于2008年04月23日遭注销党籍。
2008年6月13日,被马英九提名为“监察委员”,以同意61、不同意40、无效票10张通过。[1]