上海市爱卫会办公室的主要职责是:
一、执行爱卫会的决议并组织贯彻实施;
二、督促各地区和行业(单位)落实所承担的爱国卫生工作任务;
三、进行爱国卫生监督、检查评比和效果评价;
四、总结交流爱国卫生工作;
五、开展爱国卫生科学研究工作;
六、执行上级交办的其他工作任务;