巴以2000年9月底爆发大规模流血冲突后,巴尔古提一改过去坚决支持巴以和平进程的态度,成为法塔赫内强硬派代表。由于坚持反对以色列,巴尔古提深受巴勒斯坦人的欢迎,在巴民众中拥有较高的支持率。调查机构在巴勒斯坦民众中进行的多次民调结果结果都显示,巴勒斯坦民众对其情有独钟,他们甚至认为巴尔古提最有潜力出任巴勒斯坦政府总统。
巴尔古提是法塔赫下属军事组织“阿克萨烈士旅”的创始人。由于“阿克萨烈士旅”曾策划和实施了多起针对以色列目标的袭击事件,以安全部门多次指控巴尔古提,并把他列为追捕对象。2001年9月,以司法部正式致函巴民族权力机构,要求引渡巴尔古提。2002年4月,以军在实施“防卫墙”军事行动时逮捕了巴尔古提。2004年6月,以色列特拉维夫地方法庭指控巴尔古提直接参与了3起“恐怖”袭击事件,导致4名以色列人和1名希腊人丧生,判处他5次终身监禁。针对以色列的判决,巴尔古提发表声明说:“坚持‘起义’是巴勒斯坦获得独立的唯一途径。不管以色列逮捕和杀死多少巴勒斯坦人,都不能摧毁巴勒斯坦人民的决心。”
巴尔古提仍是巴勒斯坦国会议员之一,并成功参加了上个月举行的巴勒斯坦立法委大选。这也表明他在“法塔赫”中的影响力依然存在。如果获释,他有望成为长久以来统治巴勒斯坦的“法塔赫”下任最高领袖。