1445年4 月23日,年仅15岁却美丽、热情、高傲的 玛格丽特嫁给长她8岁的亨利六世,当时后者仍称法国国王且控制着法国北部的一些地区。她的丈夫婚前精神已经不稳定,当1453年10月13日他们的独子 威斯敏斯特的爱德华出生时,亨利已经 精神崩溃。
玛格丽特于1448年创立了 剑桥大学 王后学院。
1454年,亨利精神恢复, 约克公爵理查摄政期满,玛格丽特要求建立排除约克家族的大国会,这成了内战的导火索。在1455年5月22日的第一次 圣奥尔本斯战役中, 兰开斯特家族战败,亨利被俘,但玛格丽特得以 逃脱并在 威尔士和北英格兰组织抵抗。 1460年12月30日,兰开斯特家族在 韦克菲尔德战役中取胜,约克公爵理查及其次子 拉特兰伯爵埃德蒙阵亡,玛格丽特下令将其悬首约克城。1461年2月17日,玛格丽特在第二次圣奥尔本斯战 役中击败 沃里克伯爵,救回了丈夫,并和儿子自作主张不顾丈夫的意见处决了两个约克家族的骑士。但在3月29日的 陶顿战役中,兰开斯特家族被约克公爵理查之子 爱德华四世所败,后者登基,亨利六世被 废黜囚禁。
为了让儿子得到 继承权,玛格丽特携子逃往威尔士、 苏格兰、法国,和法王 路易十一结盟,并在其撮合下与已和爱德华四世 闹掰的沃里克伯爵结盟, 王子爱德华娶了 沃里克的女儿安妮. 内维尔。1470年10月3日,沃里克复辟了亨利六世。但当玛格丽特携子媳返回英格兰时,沃里克已于1471年4月14日的 巴内特战役中被爱德华四世所杀。5月4日,玛格丽特被迫率军参加 丢克斯伯里战役,战败,她17岁的独子爱德华战死,她的丈夫不久也被害。虽然她10年前曾赢得“侵略性、冷酷”的称誉,但此时已意志消沉。她被囚禁在沃林福德城堡和 伦敦塔,直至1475年被路易十一赎回。
1482年8月25日, 安茹的玛格丽特在安茹去世,安葬在昂热 大教堂她父母身边。在1789年的 法国大革命中,她的遗体遭到毁坏。