河海工科大学的前身是国立东南大学工科和河海工程专门学校。 河海工程专门学校成立于1915年,是中国历史上第一所专门培养水利工程人才的高等学府。许肇南、严善坊先后担任校长。国立东南大学工科的前身是1918年在南京高等师范学校图画手工科基础上成立的工艺专修科;1921年,南京高等师范学校改建为国立东南大学,工艺专修科改为工科。杨杏佛、茅以升等人先后担任工艺专修科、工科主任。
1924年4月,国立东南大学校董事会议因经费困难决定停办工科;8月,校董会复议暂行停办工科案。经过讨论,最后议决:“此项办法既与停办之原案不相抵触,又于学生转学上不发生困难,本会认为可行。”于是国立东南大学的工科于1924年秋从国立东南大学划出,与河海工程专门学校组建成了国立河海工程大学。后与中国水利局取得一致意见,以国立东南大学工科机械、土木、电机三系与河海工程学校为基础改组为国立河海工科大学,由原工科主任茅以升出任河海工大首任校长。
1927年8月,河海工科大学并入中央大学(初名第四中山大学,旋先后改名江苏大学、中央大学),成为工学院;1949年,国立中央大学改名国立南京大学,1950年改名南京大学。
1952年,院系重组,老南京大学工学院独立建立南京工学院,水利系分出,成立华东水利学院等校,1985年,华东水利学院改名河海大学。
河海工科大学是今河海大学的前身。河海大学(华东水利学院)的直接前身是河海工程专门学校(南京大学工学院水利系)。
河海有两个校区,一个是南京校区,一个是常州校区。