1980.09--1984.07,西南师范学院生物系生物学专业学习
1984.07--1985.07,四川省重庆市市中区解放碑街道党办干事
1985.07--1990.11,四川省重庆市市中区妇联副主任
1990.11--1991.04,四川省重庆市市中区较场口街道党委副书记
1991.04--1994.08,共青团四川省重庆市市中区委书记
1994.08--1995.03,四川省重庆市市中区委组织部副部长(正处级)
1995.03--1995.09,四川省重庆市渝中区委组织部副部长(正处级)
1995.09--1997.06,四川省重庆市渝中区政府副区长
1997.06--1998.02,重庆市渝中区政府副区长
1998.02--1998.03,重庆市渝中区委常委、副区长
1998.03--2003.02,重庆市渝中区委常委、组织部部长(1995.12--1998.07,西南师范大学马克思主义哲学系公共关系与现代管理专业研究生课程班学习;2002.03--2002.05,中央党校第1期优秀选调生班学习)
2003.02--2007.01,重庆市渝中区委副书记,解放碑CBD建设指挥部指挥长(2000.09--2003.06,重庆市委党校区域经济学专业研究生班学习)
2007.01--2008.12,重庆市市政管理委员会副主任、党组成员
2008.12--2009.01,重庆市万盛区委副书记、副区长、代区长
2009.01--2011.11,重庆市万盛区委副书记、区长(2008.01--2010.06,重庆大学高级管理人员工商管理专业学习,获高级管理人员工商管理硕士学位;2010.03--2010.07,中央党校第28期中青年干部培训班学习)
2011.11--2011.12,重庆市綦江区委副书记、区政府筹备组组长、区长人选
2011.12--2013.08,重庆市綦江区委副书记、区长
2013.08--2018.01,重庆市綦江区委书记
2018.01--2018.03,重庆市政府副市长,綦江区委书记[2]
2018.03--2019.11,重庆市政府副市长
2019.11--,最高人民检察院党组成员、政治部主任、机关党委书记。[3]
中共十九大代表、二十大代表 ,中国人民政治协商会议第十四届全国委员会委员、民族和宗教委员会委员,[1]重庆市四次、五次党代会代表,重庆五届市委委员,重庆市三届、四届、五届人大代表
2018年3月2日,重庆市綦江区召开干部大会,宣布市委决定:潘毅琴同志不再担任重庆市綦江区委书记、常委、委员职务。[2]
2019年11月29日下午,重庆市五届人大常委会第十三次会议举行第三次全体会议,会上经表决,决定接受潘毅琴辞去重庆市人民政府副市长职务的请求,报请重庆市第五届人民代表大会第三次会议备案。潘毅琴已任最高人民检察院党组成员、政治部主任。[4]
2023年3月12日,政协第十四届全国委员会第一次主席会议通过,潘毅琴当选为中国人民政治协商会议第十四届全国委员会民族和宗教委员会委员。[1]