游戏玩法为通过移动宝可梦使4只及以上同种类同形态宝可梦纵向或横向连成一排即可消除(只能在DS下屏消除),其中往下、往左、往右移动没有数量的限制,但是往上移动只能将一列的宝可梦往上一格。
宝可梦会从上屏一定的速度掉落下来。只要完成一次四只或以上宝可梦的消除后,会进入连消机会。在这一状态中,可以至少3只相同的宝可梦连一起即可消除;还可进一步可将任意2只相邻宝可梦消除。当完成一定数量的消除时即可过关。若屏幕中的宝可梦无法增加,则游戏失败。
其中百变怪比较特殊,可以和任何宝可梦和岩石进行消除。除了较低的概率自然掉落外,若完成了比指定最少的消除数更多的消除时,都会追加一只百变怪,叫做帮手百变怪。
本作中出现的宝可梦包括了前三个世代的所有。[3]
露西·莲步被P教授委派去用方块连接器找回被福波斯军团抓走的宝可梦,福波斯军团抓走的宝可梦将其存放于秘密仓库和交通工具内。为了更好地应对情况,她首先参加了在SOL基地的训练。之后潜入仓库内找回宝可梦们。[2]
游戏模式分为冒险模式、无尽模式、永恒模式、协作模式和对战模式。