盘古开天,四个儿子镇守东南沿海。大儿子是大屿,后因岛上一位叫林震的学子高中状元,于是改称大屿为林震屿,后称林进屿(因为闽南发音中“震”读为“进”)。二儿子是北碇,镇守金门的料罗湾。三儿子南碇长得最像盘古,高耸并立的“望归石”,相传是盘古留下的三把斧头。小儿子东碇刚生下来时,忘了割脐带,因而脐带很长,像小龙横跨台湾海峡。
1871年中国海关于清朝同治十年在东碇岛兴建灯塔。东碇灯塔是中国海关延聘的首任总工程师韩得善(David Marr Henderson)设计,并由毕斯比(A.M.Bisbee)建造,塔身黑色。附近北碇岛,位于金门东面,面积0.08平方公里,比东碇岛大,岛上同是韩得善设计的灯塔,塔身为白色,是在1882年清光绪八年建造,合称“金门双碇”。
1958年9月4日,中国政府发表关于领海的声明宣布,东碇岛是中国领海基点之一。