简单重复序列

中文名称：

简单重复序列

英文名称：

simple repeated sequence;SRS

定义：

由1~8个碱基对为基本单元的串联重复的DNA序列。

应用学科：

遗传学（一级学科）；基因组学（二级学科）

随着生物科技的进步,大量的植物表达序列标签(expressed sequence tags,EsTs)已经成为开发SSR标记的重要资源.EST-SSR作为一种新型分子标记,其多态性可能与基因功能直接相关,而且在相近植物间具有良好通用性,使得EST-SSR标记在实际应用中更具价值.采用计算机方法大规模发掘EST-SSR多态性位点极大地提高了SSR标记开发效率.尤其随着新一代测序技术的成熟以及测序成本的急剧下降,利用新一代测序技术产生大量的转录组数据进行EST-SSR多态性标记的计算机大规模发掘将对SSR标记的开发带来深远影响.本文简要介绍了植物EST-SSR分布特点,并对EST-SSR标记开发现状以及相关应用作了综合评述,此外,还对EST-SS R标记的计算机开发新策略进行了展望.

应用21对SSR引物与毛细管电泳技术,分析了52个甘蔗属品种的遗传多样性.共检测出327个SSR标记,平均每对引物检测15.6个.选择141个共显性标记构建SSR标记指纹图谱数据库,利用DNAMAN软件与UPGMA统计方法分析参试材料遗传多样性.DNAMAN软件同源分析显示,新台糖16号与台优1号之间的同源性最高(87%),品种之间最小的同源性为55%;利用UPGMA统计方法可把参试材料分成4个遗传相似性较高的类群.结果表明,SSR标记与毛细管技术的结合,可构建甘蔗种质资源SSR标记指纹图谱、分析甘蔗种质资源遗传多样性.聚类分析显示参试甘蔗材料的遗传基础相近,为了提高甘蔗选育种效率,应拓宽甘蔗选育种亲本的遗传基础,提高杂交栽培品种的抗虫、抗病等特性.

为探讨甘蔗属内不同种之间的遗传多样性,利用SSR标记与毛细管电泳技术,对来自甘蔗属3个不同种的12个材料19对引物进行检测,共检测到229个DNA多态性条带,19对引物扩增的DNA条带范围集中在100～260 bp之间.12个甘蔗材料的Jaccard遗传相似度,最小0.09,最大0.65,平均为0.26.通过遗传相似性系数分析,UPGMA聚类图内12个甘蔗材料可分为两个群,三个割手密种材料分为一个亚群,甘蔗栽培品种与甘蔗热带种合为一个亚群.结果表明:热带种比割手密种具有和甘蔗栽培品种更亲近的遗传关系;SSR分子标记与毛细管技术结合,相比别的分子标记技术或电泳技术,具有更准确、简便、自动化等优点.

对柔嫩艾美尔球虫EST-SSR进行生物信息学分析,共获取Eimeria tenella EST序列34 074条,总长度为16.45Mb,小于12bp SSR的ESTs达7 651条,从中获得SSR序列19 576条、总长度为0.35Mb,EST-SSRs的频率是48.00%,平均相隔840bp出现一个长度不小于12bp的SSR.在E.tenella 的核苷酸重复基元中,2、3、4、5、6和7 bp重复序列在基因组中出现的种类分别有11种472条、49种14 710条、31种525条、13种25条、21种43条和15种400条,3碱基重复序列是最丰富的重复单元,占总数的75.14%.各种SSRs中富含G、C碱基的重复单元以GCA出现频率最多(28.63%),次为AGC(17.59%),GCT(8.76%),TGC(7.62%),CTG(7.15%).

《原子物理学》课程是物理教育专业的专业基础必修课程。本课程着重从物理实验规律出发，引进近代物理关于微观世界的重要概念和原理，探讨原子、原子核及基本粒子的结构和运动规律，解释它们的宏观性质， 以及在现代科学技术上的重大应用。本课程强调物理实验的分析、微观物理概念、物理图像和物理模型的建立和理解。从原子物理的原子结构模型出发使学生对原子的结构有个初步认识，从著名的黑体辐射、光电效应等物理实验及波尔的光谱理论，引入量子概念，介绍态叠加原理、 不确定原理；从薛定锷方程和原子波函数出发，分析量子理论基础特别是几个 量子数的物理意义。从量子角度结合夫兰克-赫兹实验、史特恩-盖拉赫实验来解释单电子和双电子原子的能级与光谱特性，多电子的LS耦合及基本规律（含 塞曼效应）。在原子核物理部分，定性地描述原子核的基本性质，从物理实验的基本事实出发介绍原子核结构的四个基本模型，着重介绍 液滴模型和 壳层模型，介绍原子核放射衰减的基本规律及类型；掌握 核反应的规律，理解 核聚变、核裂变的原理及应用。介绍粒子物理实验的基本知识，介绍重要粒子的发现实验及粒子的基本性质，掌握基本粒子的分类及相互作用，了解宇称不守恒及实验证明。为把科学素质教育融入课堂中，教师通过介绍原子物理学规律发现和发展的典型事例，如光电效应的实验、黑体辐射现象、普朗克量子概念的建立、玻尔的氢原子理论、史特恩-盖拉赫实验、夫兰赫兹实验、夸克的发现等，使学生了解如何由分析物理实验结果出发、建立物理模型，进而建立物理理论体系的过程，了解微观物理学对现代科学技术重大影响和各种应用，了解并适当涉及正在发展的学科前沿，扩大视野，引导学生勇于思考、乐于探索发现，培养其良好的科学素质。 在教学方法上打破以往教材以 玻尔理论为主线和按原子物理发展历史组织教学的旧框架，直接在量子理论的基础上，从实验出发讲授原子物理学的有关内容，形成一种即保证基础内容又兼顾科技前沿的教学模式，基于这种新模式，进行了大量的改革和实践： 1)． 教学内容及教学方法的现代化 在保证基础的前提下，突出“现代化”，实现教学观念、教学方法、教学内容和教学手段的现代化，把新技术、新方法、新知识引入教学中。将与原子物理有关的现代科学技术引入课堂。 2). 教学手段的现代化 已制作电子教案，任课教师都采用多媒体手段教学。为教师在课堂上讲授时使用相关内容创造了优越条件，明显提高了讲授质量和教学效果。已有完备的网上教学资源。 3). 重视物理实验,进行 实践性教学 结合大学物理实验，为学生提供实验演示，增强学生对微观世界的认识及加深相关理论的理解为学生提供了极好的实践环境及认识微观世界的感性途径。 4).举办与原子物理学有关的物理前沿系列讲座。 开拓学生的知识面，提高学生学习本课程兴趣，增强其对学习与研究关系的理解。做法是请有关专业的教师或本课程教师主讲，每学期大约选四讲。 5)．指导学生在课外写小论文,培养学生初步的科研能力 指导学生做小论文，作为平时成绩的一部分。围绕原子物理学的基本规律及其应用，自己选题，自找参考资料，独立撰写。期中布置、期末前组织优秀论文讲演竞赛，效果很好。培养同学的主动 学习积极性，拓宽知识面，培养 理论联系实际的精神。