1996年12月 起任湖北省公路局副局长(副处级)(期间:1998年3月兼任省公路建设总公司总经理; 1999年10月起任湖北省襄十高速公路指挥部常务副指挥长);
1999年12月 起任湖北省交通厅综合计划处副处长;
2000年5月 起任湖北省交通厅综合计划处处长(正处级);
2000年10月 起任湖北省公路管理局局长、党委委员;
2004年1月 起任湖北省公路管理局局长、党委书记(副厅级);
2008年2月 起任湖北省交通厅总工程师、党组成员;
2008年6月 起任湖北省交通厅副厅长、党组成员、省交通重点建设领导小组办公室专职主任;
2009年5月 起任湖北省交通运输厅副厅长、党组成员、省交通重点建设领导小组办公室专职主任;
2010年7月 起任湖北省交通运输厅副厅长、党组成员。[1]
2016年5月24日晨,湖北省交通厅副厅长马立军在单位坠楼身亡,事发湖北省委第七巡视组在该厅巡视过程中。
湖北省交通厅内部人士透露,马立军此前有严重的抑郁倾向。
先后获得湖北省科技进步一等奖、湖北省科技进步三等奖、湖北省科技成果推广二等奖,中国公路学会科学技术特等奖、科学技术一等奖等荣誉,被省人民政府授予“湖北省有突出贡献中青年专家”称号。