1981年8月上海市基督教第四届代表会议成立了上海市基督教教务委员会,戚庆才当选为席主,孙彦理、沈以藩、程步云、黄祖贻、王矶法、张心田为副主席,尹襄为秘书长。
1986年5月选出了第二届教务委员会,戚庆才当选为名誉主席,孙彦理当选为市教务委员会主席,王矶法、华耀增、任钟祥、沈以藩、张心田、黄祖贻、程步云当选为副主席,尹襄当选为秘书长。
1992年6月选出了第三届教务委员会,孙彦理再次当选为主席,华耀增(常务)、王矶法、任钟祥、沈以藩、苏德慈、黄祖贻、曹圣洁、程竹坪、程步云、雷桐当选为副主席,傅先伟当选为秘书长。
1997年10月7日上海市基督教第七届代表会议选举产生第四届教务委员会,曹圣洁当选为主席,华耀增(常务)、史奇珪、刘雅各、苏德慈、陆传芳、程竹坪、周飞、黄祖贻、杨安鼎当选为副主席,傅先伟当选为秘书长,尹襄为首席顾问,王矶法、甘贤贞、朱大卫、任钟祥、吴守仁、张心田、陈善祥、须启道、程步云、虞颂华10人当选为顾问。
2002年10月31号至11月1日,举行了上海市基督教第八次代表会议。华耀增当选为上海市基督教教务委员会主席,史奇珪、刘雅各、苏德慈、陆传芳、周飞当选为副主席,颜志渊为秘书长。
该会的主要工作是:
一、对全市各堂的教务进行督促、协调;
二、对不同的信仰观点和礼仪,主张互相尊重,以利走上教会合一的道路;
三、培养与按立教牧圣职;
四、制订必要的规章制度,组织交流各堂的事工经济。
该会与上海市基督教三自爱国委员会简称为基督教"市两会"。
市两会机构下设八个教务事工组:
一、学习事工组;
二、圣事事工组;
三、外事接待事工组;
四、教会治理事工组;
五、文字出版事工组;
六、郊县(区)教会事工组;
七、青年事工组;
八、妇女事工组。
另外,市"两会"机关还专设办公室、财务室、房产工作组等常设机构。