巴格拉姆监狱被称为阿富汗的关塔那摩监狱,关押阿富汗战争开始后北约部队抓获的武装人员。一些国际民间机构指认美军违反国际准则,原因是一些囚徒长期未受指控或审理。
阿富汗总统卡尔扎伊把移交巴格拉姆监狱作为签订阿美战略伙伴关系协定的前提条件之一。他于2012年1月限令美方一个月内移交,随后把期限延长至2012年3月10日。2012年2月,巴格拉姆基地美军焚烧《古兰经》和其他宗教书籍事件曝光,触发阿富汗民众抗议。大约30人在骚乱中丧生,6名美方人员遇袭身亡。2012年3月9日,阿富汗政府与驻阿美军签署备忘录,美军将向阿富汗政府移交巴格拉姆监狱的管理权。阿富汗国防部长拉希姆·瓦尔达克和驻阿美军司令约翰·艾伦出席了当天下午的联合备忘录签字仪式。按照备忘录,美军将在6个月内完成移交工作。此后一年内,美国还将继续提供后勤支持和技术咨询。
美国军方同意向阿富汗当局移交巴格拉姆监狱,但仍有权决定是否释放在押人员。移交监狱可望消除两国战略伙伴协议谈判一个主要障碍。