遗址坑壁见有清楚的地层堆积:上为耕土层,厚约0.15~0.2米; 中为近代扰乱层,厚0.2~0.3米;下为原始文化层,内含较多蛤壳、烧土、兽骨、陶片、石器等,厚0.4~1米。下层见有许多柱洞坑,坑径与深度均在1.3米左右, 坑底柱洞,径约0.15~0.2米。出土遗物有石器、骨器、陶器等。
遗址经平整深翻土地,取土挖坑,文化层遭严重破坏,出土的生产、生活用具及大量蛤壳、鱼骨、兽骨等,反映了当时沿海居民农、渔、猎的经济情况。
贝丘遗址是古代人类居住遗址的一种,以包含大量古代人类食后抛弃的贝壳为特征。这类遗址大都属于距今五六千年以前的新石器时代,少数则延续到其后的青铜时代或稍晚。它们多位于海、湖和河流沿岸,在世界各地有着广泛的分布。对贝丘遗址的考察,可以发现远古人类在数千年的生存、发展历程中,如何适应周围环境,进而影响环境,对当前人类改善生存环境有着重要意义。