1956年初,九三学社社员、云南大学教授曲仲湘在云南大学发展了刘文典、秦瓒、方国瑜、刘尧民等一批知名人士为社员,并经九三学社中央批准,在昆明创立了"九三学社中央直属云南大学小组,"这是云南省最早的九三学社组织,当时只有社员11人。
1959年2月,昆明的九三学社社员人数已发展到200余人,经九三学社中央批准,正式成立了九三学社昆明分社,并选举了分社委员9人,曲仲湘任主任委员。九三学社昆明分社先后经历了三届委员会。
1983年9月,为适应云南省政治、经济形势发展的需要,成立了九三学社云南省工作委员会。
1984年12月,九三学社云南省工作委员会在昆明召开第四次社员代表大会,正式宣布成立九三学社云南省委员会,并选举了第一届委员会委员35人,常务委员17人,曲仲湘任主任委员。
1988年7月,九三学社云南省委在昆明召开第五次社员代表大会,选举产生了九三学社云南省第二届委员会,选举委员45人,常务委员15人,刘邦瑞任主任委员。
1992年5月,九三学社云南省委在昆明召开第六次社员代表大会,选举产生了九三学社云南省第三届委员会,选举委员45人,常务委员15人,刘邦瑞任主任委员。
1997年4月,九三学社云南省委在昆明召开第七次社员代表大会,选举产生了九三学社云南省第四届委员会,选举委员46人,常务委员15人,刘北辰任主任委员。
2002年5月,九三学社云南省委在昆明召开第八次社员代表大会,选举产生了九三学社云南省第五届委员会,选举委员46人,常务委员18人,曾华任主任委员。
2007年5月,九三学社云南省委在昆明召开第九次社员代表大会,选举产生了九三学社云南省第六届委员会,选举委员49人,常务委员20人,曾华任主任委员。[2]
2022年6月11日,九三学社云南省委在昆明召开第十二次社员代表大会,选举产生了九三学社云南省第九届委员会,选举委员34人,常务委员27人,李学林任主任委员。[1]
主任委员:李学林[1]
副主任委员:宋光兴、段昌群、杨昆、毕红(女)、张铁松、朱书生