明万历年间(1593-1597),旅居重庆的河南回族穆斯林侍郎 马文升倡议, 吴兴龙等人筹资兴建清真寺于今中兴路,占地面积约2700余平方米,坐西朝东,气势雄伟。
抗战期间,连遭日机轰炸。为解决穆斯林宗教活动之急需,由驻渝的中国回教救国协会补助经费,于短期内修建了礼拜殿和水房。1943年,在中国回教救国协会支持下,将该寺作为陪都清真寺修建,按60万元(法币)设计,由国民政府补助30万元,不足之数由该会募集,同年竣工。
1983年,发现整个大殿房盖有垮塌危险,由政府拨人民币约70000元进行了大面积维修。
重庆清真寺 乘坐轻轨3号线到 “两路口”转 1号线到“较场口”站可达。