总花梗生于叶腋,丝状,长1-3厘米,被疏微毛,或脱毛,具1-3花;花梗长10-15毫米,结果时明显伸长,最下部的花梗中部具苞片;苞片线状刚毛形,长约2毫米,宿存。花小,粉红色,长1.5厘米,侧生萼片2,卵形,基部心形,长3-4毫米,顶端尖或渐尖,全缘或一侧边缘具齿,中肋背面具钝鸡冠状突起;旗瓣圆形,螺壳状,直径6-8毫米,背面中肋中部具狭鸡冠状突起;翼瓣无柄,长12-14毫米,2裂,基部裂片小,有时几乎不发育,上部裂片反折,具柄,半月形,上部骤然变狭,顶端钝,背部具明显小耳齿状或圆形;唇瓣檐部舟状,平展,弧状弯,长5-6毫米,距位于檐部中部,与檐部近等长,顶端全缘或2浅裂。花丝细;花药小,顶端钝。子房纺锤形,直立,渐尖。蒴果线形,长2.5-3.5厘米,念珠状,顶端尖。种子多数,椭圆状,长3.5-4毫米,栗褐色,有光泽。花期8月。
念珠凤仙花模式标本采自四川东俄洛。
据本种的原始记载,J. D. Hooker 认为此种与心萼凤仙花 I. henryi Pritz. ex Diels一样,距位于唇瓣的下面,但是唇瓣檐部比后者的较短可以区别