但液相色谱-质谱联用的缺点是试样组分在进入离子源前必须去除溶剂,故沸点与溶剂相近或低的组分不能检测;由于溶剂很难挥发干净,本底效应较高,不利于分辨;没有商品化的谱库可对比查询,只能自建谱库或自己解析谱图。液相色谱-质谱联用仪主要用于非挥发性化合物、极性化合物、热不稳定化合物和大相对分子质量化合物(包括蛋白、多肽、多聚物等)等的分析测定。在土壤科学研究中主要应用于农药兽药的残留物、环境污染物及化感物质等有机物的定性和定量分析。