按照省教育厅的要求,为适应国家和黑龙江省发展软件产业对人才的迫切需求,该院依托该校计算机科学与技术学科及相关专业的综合办学优势,按照“办学层次化、运作企业化、管理专业化”的办学模式,产学研紧密结合,学院在夯实学生的基础的同时,十分重视学生实践能力的培养。一方面与国内外知名企业开展多种形式的定制培养,建立实习、实训基地,为学生提供更多的实践、锻炼的机会;另一方面充分借助与日、韩、欧美的良好合作基础,坚持开放式办学,不断地、全方位地开展国际学术交流与合作,已与国内外多所知名高校和企业开展合作关系。理论与实践并重,大力提高办学水平,使哈尔滨工程大学软件学院成为我省培养计算机软件领域高层次、复合型人才的重要基地。
学院还聘请外籍教师和国内外具有资深研发经验的高级研发人员讲座、授课,带领学生共同完成部分专业课和实践课教学任务。