由于零号机已经被力天使吞噬了核心无法复原,而NERV的量产绫波丽只与零号机适格,NERV(或SEELE)便按照零号机的样子制造了Mark.09。
让人比较在意的是,九号机在失去头部之后依然能活动自如。整部影片的后半部分九号机也都是以无头形态登场的。这点颠覆了EVA的传统机设。估计和量产型绫波丽有关。
在影片最后九号机侵蚀AAAWunder时重新长出头部(外形很像AAAWunder的观测台),并且机体变成黑红相间的涂装,在与兽化的二号机改交战时被明日香提到“全身都是核心”最后只通过二号机自爆才被消灭。