科技考古中心;
古建筑保护研究中心;
文物保护材料研发与文物检测中心;
艺术史与考古研究中心(含考古与艺术博物馆)等。
研究院的主要研究方向包括:地球物探技术考古、计算机三维技术考古、分子技术考古(体质人类学考古,动、植物考古)古建筑保护、土遗址保护、石窟遗存保护、文物保护材料研发、各类可移动文物(金属、陶瓷、玉石、丝绸、纸质等类文物)科学保护和检测、鉴定技术等。