抗日战争爆发后,率部参加淞沪抗战,坚守上海大场一线,多次击退日军进攻。
1937年任国民党陆军第九集团军七十八军第十八师师长。10月26日在阵地失守后,举枪自杀殉国,但并未成功。
1940年朱耀华被任命为广东第七战区军法总监,之后还出任过抗日军事委员会高级参谋。
1945年抗战胜利后后,朱耀华不愿打内战,毅然申请退役,解甲归田。获准退役后,朱耀华返回家乡,断绝了与国民政府党政军各方面的一切联系,早年朱耀华就喜欢读史书,退出军界后,更是沉迷于读书和习字之中。
1949年,国民政府军政人员纷纷离开大陆,此时朱耀华在上海女儿家中,他的旧部、老友力劝朱耀华去美国或者台湾,更有人给朱耀华买好了去美国的机票,在台湾的侄儿朱厚铭也希望朱耀华去台湾,但朱耀华都一概谢绝了,因为他舍不得离开故土。
1951年因“反革命罪”被判处死刑。