1918年,吴鸿麒自日殖时期台湾总督府国语学校师范部(台北师范学校前身)毕业后,通过乙种教谕试验,先后于龙潭、中坜两公学校任教,后离职去中国大陆,入上海协和大学就读,后赴日本,转日本大学法科。1928年毕业,并于1930年取得律师资格。翌年返台,于10月在台北建成町(今台北市大同区)立所开业,成为日殖时期的台籍执业律师。
1937年中日战争爆发后,日军为征召台湾民夫参与作战,同时为压制台湾知识分子反日之气焰,于1938年9月间,由军部征调台湾闻人以军夫的身份去筑造军用机场,吴鸿麒与郭雨新、陈逸松、李瑞汉、叶猫猫等即列其中。
1945年台湾光复,吴鸿麒亲予欢迎国府接收,而台湾省行政长官公署与台湾高等法院亦皆请吴鸿麒任职,吴遂选择任职法院。由此于1945年11月至隔年6年先任台北地方法院民事庭推事(法官),嗣调高等法院。
1947年二二八事件爆发,3月13日,吴鸿麒在高等法院处理公文期间,遭两名穿着私服的莫名人士强行带走,院长拦阻无效,即报台湾警备总司令部参谋长柯远芬予调查,柯复答并无是事,自此不知所踪。吴夫人杨毛治得知后,曾找吴之好友、时任台北市长游弥坚寻求帮助,惟遭拒。
3月16日,台北南港桥发现八具尸体,经辨认,其中五具为高等法院推事吴鸿麒、专卖局烟草公司专门委员林旭屏、华美医院医师郑聪、三重豆干商周渊过及林定枝。3月17日下午,吴夫人杨毛治确认尸体后,于翌日雇车运回,并通知法院及请医师验尸。
吴鸿麒无故死后,各界关注。时任国防部长白崇禧即令调查,监察院闽台监察使杨亮功随之赴台查办,吴鸿麒兄长、台湾籍国民参政员吴鸿森赴南京与会时,亲予蒋中正一陈情书,中央政府遂下令查办。陆军少将、时任立法院长黄国书、台籍监察委员丘念台、台籍国大代表陈逸松均过问关心。惜均无下文,故吴鸿麒死因至今不详。
据当时官方有关记载显示,1947年6月间,警备总部彭孟缉司令向蒋中正报告称 ,有情报显示“台北市区有不良分子组暗杀团 ,专以杀害军官、外省人及半山为对象,并已开始行动,南港桥下八命案或系该团所为”。对此,国安局相关档案中亦有“台湾高等法院审判官吴鸿棋(麒)等被暗杀及台湾各地相继发生官员失踪情形调查资料”之记载,惟具体情形,或因大陆沦陷而未及带来台湾。
而民间与吴鸿麒之家属均认为系为人挟恨报复。但对于因何事何人报复,亦有不同说法。有说是因一高级军官((据传为基隆要塞司令史宏熹之妻))因其妻在日人经营之医院生产,注射麻醉剂过量致死而打官司,吴氏判医师无罪,由此开罪军方。又有一说,为台北市警察局长陈松坚因“员林事件”心生忿怨,遂借国军平乱之机报复,此一说亦得时为国防最高委员会委员刘文岛佐证。刘氏因立法院长黄国书与监察委员丘念台之质询,于1947年4月7日之常务会议上表示“吴氏因得罪台北市警察局长而被押到郊外杀了”。对于前述几说,据2003年监察院“二二八调查报告”称:“本院于九十年十二月二十六日及九十一年二月二十日等赴台湾高等法院调阅有关吴鸿麒法官民国三十五、六年间之办案资料,经查并无‘迎妇产科’或‘员林事件’之案卷。”另外还有说是被王姓检察官(因吴遇难时,身上所留名片上,有用指甲刻印之疑似“王”字)所害云云。
另据1992年行政院之“二二八事件研究报告”中写道:“……以上诸人之遇害,无论真实原因为何,均与政治活动或政治欲望多少有关,因而被扣上叛乱罪名。据一黄姓见证人称,在三月五或六日,他到‘处委会’,听到黄朝琴对‘处委会’委员说:‘奉陈仪令,你们既然要自治,你们想当何种官职,请列出名单’。于是 ‘处委会’ 草拟一份名单;据其记忆所及,其中有如下数位:高等法院院长吴鸿麒、财政厅长陈炘、卫生处长施江南……等等。国军抵台后,当局即据此以为叛乱罪证处刑。见证人虽无证物,但信誓旦旦,确实见过这份名单。”
吴鸿麒遇难后,其妻杨毛治受兄长杨鸿森照顾,安排担任中坜家职校长,故得能抚养子女。吴子和光经营有成,女文华,自台湾师范大学艺术系毕业后,任教职,退休后从事宗教活动。其孪生弟吴鸿麟,曾任桃园县议长、县长。吴鸿麟之子吴伯雄,后任中国国民党主席。
吴鸿麒是国民党荣誉主席吴伯雄父亲吴鸿麟的挛生兄弟,但他与手足的命运却大不相同。其孪生弟吴鸿麟,曾任桃园县议长、县长。吴鸿麟即吴伯雄的父亲。吴伯雄多年前受访时表示,要家属忘记悲痛是不可能的,希望大家抱持宽恕心情面对未来,让类似二二八事件的悲剧不再发生。
“3月15日深夜12时,南港桥边闻枪声数响,次晨即发现(吴鸿麒等)8具尸体。”二二八纪念馆网站以上述字句,载明事件发生时担任台湾高等法院推事吴鸿麒的最后身影。
在《台北南港二二八》书中,吴鸿麒妻子表示,1947年3月12日,吴鸿麒在高等法院被两名便衣“请去谈话”后即失踪,直到16日,他的尸体才在南港大桥脚边被妻子寻获。
吴鸿麒的妻子在3月16日得知南港坑道口有几具尸体,赶去认尸,发现丈夫遗体后,想租汽车将他载运回家,却“无人敢出租汽车”,最后靠着手推车才将尸体运回家。
吴妻当年坚持请照相师拍下丈夫的遗体,展览中,除了有遗体照片外,还有其死亡证明书。她回忆“医师验尸时,吴鸿麒身上满是伤痕,下半身一道一道的乌青,连睪丸都打破了…。”清理遗体时,她对丈夫说:“你一辈子讲究卫生,死时却弄得全身灰尘泥土…”,血怎么样也擦不干。
吴鸿麒是中坜客家人,日据时代自“台湾总督府‘国语’学校”师范部毕业后,曾任教于龙潭、中坜等两所公学校,后来又赴上海协和大学进修、再转入日本大学法科,毕业后取得律师资格,在台北建成町开业。
台湾光复后,吴鸿麒出任台湾高等法院推事,因为对陈仪当局贪污马虎的作风“十分不以为然”,他对贪污暴乱案件处理“从不加以宽待”,也因此“得罪了一些人”,走上与兄弟截然不同的人生。