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佐世保海军基地自1883年时,第二丁卯舰舰长 东乡平八郎入港勘测后,便逐渐被视为一座重要的军港,从原本 江户时代的小渔村发展成 日本帝国海军的作战基地及造船设施。1889年时在此设置了“佐世保镇守府”,使佐世保成为西日本的防御重心、以及对亚洲大陆的出兵据地。1905年的对马海峡战役中,已成为大将的东乡指挥 联合舰队从本港出动,并击败了 俄罗斯帝国的 波罗的海舰队。佐世保基地的位置和地理条件成了决定性因素之一。 太平洋战争高峰期间,在佐世保的造船厂及周边相关设施内从业的员工约有6万人,多艘舰艇、 潜艇和军机在此进行装配。
美国海军的佐世保基地标志
日本投降之后的1945年9月,美第5海军陆战师从佐世保上岸,1946年6月后美军在此成立了佐世保舰队基地。1950年 韩战爆发后,佐世保成为 联合国军和美军前往 韩国的重要地点,数百万顿的弹药、燃料、坦克、军车和补给品源源不绝的从佐世保港送往 釜山等地。此时驻佐世保的美军达到2万多人,而进出的战船和突击舰又使该地的外国人口大量增加。
2011年时访问佐世保基地的 乔治·华盛顿号航空母舰
随着 冷战期间 日本自卫队的成立,使得佐世保亦变为海上自卫队的设施,而美军港口也继续从这里支援 第七舰队的船只。1970年代中期,美军佐世保舰队基地一度被更名为 佐世保海军军械基地(Naval Ordnance Facility Sasebo),靠泊的美军船只也大幅减少。
1980年7月4日,佐世保基地更回今名,并再度成为第七舰队舰艇的前方部署基地,停泊次数大量增加。后因应 中东战事升温期间第七舰队的规模扩张,佐世保基地扮演的角色亦越来越重要。1991年 波斯湾战争时,佐世保在沙漠之盾行动及沙漠风暴行动(Operation Desert Shield/Storm)中成为美军重要的后方后勤设施,替远赴 波斯湾战区的海军船只和 海军陆战队部队供应武器和燃料。
21世纪后,佐世保因为比 横须贺海军基地更接近 印度洋和 南中国海,而依然被视为关键的军事设施。但也因这种位置,使一位专家担心佐世保基地面对中国解放军潜在的威胁时会显得脆弱,而建议海军关闭美军在该港的设施。
以下列出美国海军在佐世保基地的永久前沿部署(permanently forward-deployed)舰艇:
第11两栖战队指挥部(Commander Amphibious Squadron 11;COMPHIBRON 11)
第7扫雷舰战队指挥部(Commander Mine Countermeasure Squadron 7;COMCMRON 7)
佐世保基地内并列的海上自卫队舰艇,最右为泽雾号护卫舰(DD-157)
第5护卫队(隶属于第1护卫队群)下辖舰艇
第2护卫队(隶属于第2护卫队群)下辖舰艇
第7护卫队(隶属于第3护卫队群)下辖舰艇
第13护卫队(地方配备部队)下辖舰艇
 
         
         
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