1999年10月,苏丹全国大会党召开首次全国代表大会,巴希尔总统任党主席,哈桑·图拉比为秘书长。1999年时任议会议长的图拉比提出了一项议案,试图减少总统的权力,促使巴希尔解散议会,宣布进入紧急状态,两人正式分裂。2000年6月,全国大召开协商委员会会议,决定免去图拉比全国大秘书长职务。9月,易卜拉欣·艾哈迈德·奥马尔(Ibrahim Ahmed Umar)当选全国大秘书长。2005年11月,全国大二大召开,会议选举出新一届领导局成员。巴希尔总统连任党主席,塔哈、纳菲阿、里亚克等三人当选党的副主席。2009年10月,全国大三大召开,巴希尔总统再次连任。该党的意识形态为伊斯兰教义、泛阿拉伯主义、民族主义和保守主义。
2019年11月29日,苏丹主权委员会和部长会议28日举行联席会议通过一项法律,解散了前总统巴希尔领导的前执政党全国大会党及其附属部门。[1]