曾任市第一中级人民法院民二庭庭长、办公室主任,市人大内务司法委员会委员,市第二中级人民法院副院长、上海市长宁区人民法院院长,上海市长宁区人民法院审委会委员、上海市高级人民法院副院长、审判委员会委员、审判员等职。
2017年10月,任上海市知识产权局局长、党组书记。
2018年05月,上海市第三中级人民法院院长,上海知识产权法院院长,上海铁路运输中级法院院长。
陈亚娟2015年12月,拟推荐为上海市高级人民法院副院长人选。
2017年9月25日,中共上海市委组织部公示:陈亚娟拟任上海市知识产权局局长、党组书记。[1]
2017年10月26日,上海市人民政府决定:任命陈亚娟为上海市知识产权局局长。[2]
2017年11月23日,上海市第十四届人大常委会第四十一次会议审议并表决通过有关人事任免案:免去陈亚娟的上海市高级人民法院副院长、审判委员会委员、审判员职务。
2018年5月,上海市第十五届人大常委会第四次会议表决通过,任命陈亚娟为上海市第三中级人民法院院长,上海知识产权法院院长,上海铁路运输中级法院院长。[3]
2018年6月,上海市人民政府决定:免去陈亚娟的上海市知识产权局局长职务。[4]