正亲町天皇皇室财政窘迫,使得权威扫地难堪,这样的情况一直到织田信长上京以后才有改善。信长需要藉由天皇的权威,发出给敌对势力的和谈敕命。包括1570年时对朝仓义景、浅井长政,1573年对足利义昭,1580年对石山本愿寺等数次战争,都是以正亲町天皇的名义发出和谈敕命,为此信长尊重天皇。信长死后,政权逐渐移转至丰臣秀吉手上,秀吉也采取了利用天皇的态度,使天皇权威提高,并恢复皇宫的修理与朝廷的仪式。于是织田信长、丰臣秀吉与正亲町天皇三边,互相成为一种依赖与利用的关系。
1586年,天皇让位给其孙周仁亲王,并于1593年过世,葬于深草北陵,世人深感惋惜。
弘治
永禄
元龟
天正