薛定谔1887年出生在奥地利维也纳附近的埃德伯格,1898年进入了文理高中,从1906年至1910年在维也纳大学学习物理与数学并在1910年取得博士学位。此后在维也纳物理研究所工作,他当时的同事包括弗兰茨·瑟拉芬·埃克斯纳(Franz Serafin Exner),弗雷德里希·哈瑟诺尔(Friedrich Hasenöhrl)和柯劳什(Kohlrausch)。在大学期间薛定谔还同园艺家弗朗茨·弗利摩尔(Franz Frimmel)保持了很深密的友谊。
薛定谔参加了第一次世界大战,此后在耶拿大学、斯图加特大学、布雷斯劳大学和苏黎世大学教书。特别是在苏黎世大学他所担任的理论物理学的教授以前曾由爱因斯坦和马克思·冯·劳恩担任过。在这里他提出了著名的薛定谔方程,创立了波动力学学说用以来描述量子力学。
1920年4月6日他同安娜玛丽·贝特尔(Annemarie Bertel)结婚。1927年薛定谔迁往柏林,接替马克斯·普朗克在洪堡大学担任理论物理学教授,并成为了普鲁士科学院院士。在那里他感受到了自由进行科学研究的浓厚气氛。当时在柏林汇聚了世界顶尖的物理学家,比如他的同事维克托·维斯科普夫。在纳粹党1933年夺取政权后,薛定谔决定离开德国移居英国牛津,在马格达伦学院担任访问学者,同年他获得了诺贝尔物理学奖。
1936年他返回奥地利并在格拉茨的卡尔·弗朗岑斯大学任教。1938年薛定谔由于德奥并合而离开奥地利并迁往爱尔兰都柏林,在那里他于1940年建立了理论物理学院并一直担任主任。
除了量子力学之外,1944年著有“生命是什么?”(What is Life?)。发现DNA双螺旋的瓦森(James D. Watson)与克里克 (Francis Crick)表示受薛定谔影响颇深。
1956年薛定谔返回维也纳,在维也纳大学理论物理研究所教学直到去世。当他参加完在阿尔卑包赫村(Alpbach)举行的高校活动后,由于当地风景优美而决定死后葬在此地。薛定谔因患肺结核在1961年1月4日病逝于维也纳,死后如愿被埋在了阿尔卑包赫村,他的墓碑上刻着以他命名的薛定谔方程。
1926年他提出著名的薛定谔方程,为量子力学奠定了坚实的基础。方程的提出只是稍晚于沃纳·海森堡的矩阵力学学说,此方程至今仍被认为是绝对的标准,它使用了物理学上所通用的语言即微分方程。这使薛定谔一举成名,他还在同年证明了自己的波动力学是与海森堡和玻恩的矩阵力学在数学上是等价的。
1937年被授予马克斯·普朗克奖章。
1944年薛定谔出版了《生命是什么》,此书中提出了负熵(Negentropie)的概念。他自己发展了分子生物学,想通过用物理的语言来描述生物学中的课题。他还发表了许多的科普论文,它们至今仍然是进入到广义相对论和统计力学的世界的最好向导。
最著名的思想实验是薛定谔的猫,在这个试验中他把量子力学中的反直观的效果转嫁到日常生活中的事物上来,并想以此来表达他对想要用一般的统计学说来解释量子物理的拒绝。
此外薛定谔还发表了50余本著作涉及到不同的题目,还进行了统一的语义场论的努力。他的肖像也曾被印在奥地利1000先令的钞票上。