该县属藏南山原湖盆宽谷区。四周边缘高突,中间呈低洼湖泊。境内山峰众多,海拔6000米以上的就有6座。最高海拔为7206米。属高原温带半干旱季风气候区。光照充足,辐射强,冬春寒冷多大风,夏秋温凉多雨水,干湿季分明,年日照时数为2929.7小时,年降水量为376毫米,年无霜期60天。自然灾害主要有风、旱、虫、雹、洪水、雪、霜等灾害。
境内有较高品位的砂金,丰富的风能、水能、太阳能资源。野生动植物资源丰富, 主要有野驴、豹、黑颈鹤、水獭、猞猁、盘羊、灰鹤、狼、狐狸、獐、黄羊、青羊、灰鸭、麻鸭、贝母、麻黄、虫草、雪莲花、龙胆等。羊卓雍错还有蕴藏量高达2至3亿公斤的高原特有无鳞鱼和裂腹鱼,素有"西藏鱼库"之称。