突厥语民族由于地理位置与人文因素,较多的接受西亚地区的先进文化。公元840年,突厥回鹘汗国崩溃,庞特勤率领回鹘主力来到七河流域与费尔干纳,同当地的葛逻禄一道建立喀喇汗王朝。公元874年,在当代的伊朗兴起了波斯帝国的萨曼王朝,萨曼王朝多次向喀喇汗王朝等中亚突厥人展开大规模军事进攻,将带回来的突厥俘虏培养成伊斯兰化的卫队—古拉姆近卫军,同时成批精美的波斯商品、工艺品等货物涌入中亚。
公元893年初,在中亚最寒冷的季节,萨曼王朝对喀喇汗王朝发动了规模最大的一次军事进攻。在数万波斯穆斯林大军的围攻下,喀喇汗王朝陪都怛罗斯陷入一片硝捆战火之中,形势极端危急。驻守在城中的奥古勒恰克·布格拉汗率军奇勇抵抗,结果1万余名士兵战死,又有1.5余士兵被俘。萨曼君主伊斯玛依勒在攻城数月后,终于踏着喀喇汗王朝士兵的鲜血占领了怛罗斯城,接至俘虏了来不及转移的奥古勒估克的可敦(即王后)。奥古勒恰克再也无力抵统。当从东线退往八拉沙定的退路也被切断后,奥古勒恰克只得忍着悲愤,率领残部向东南方向突围而出,一直向帕米尔高原以东退去,至此,喀喇汗可汗的驻地由怛罗斯转移到了喀什噶尔。
波斯帝国在用武力扩张领土、宣传宗教的同时,也利用了经济文化手段。波斯苏菲派托钵僧前赴后继来到中亚,传播伊斯兰教与波斯文化,这使得大批突厥人皈依伊斯兰教。后来萨曼朝王爷纳赛尔因为政治原因,来到喀喇汗庭避难,同时将波斯伊斯兰文化带到了汗庭之中,喀喇汗可汗萨图克·博格拉汗是第一位皈依伊斯兰教的突厥可汗,他于915年(一说934年)发动政变继位,在他的带领之下,伊斯兰教逐渐在喀喇汗王朝境内普及。喀喇汗王朝将突厥文化同波斯—伊斯兰文化加以糅合,形成了新式的突厥—伊斯兰文化,这种文化此时相当繁荣,中亚北方的克普恰克人、乌古斯人等突厥系民族也接受了伊斯兰教。在他的儿子穆萨·阿尔斯兰汗在任时,喀喇汗境内的伊斯兰教更加普及,公元960年,约有20万帐突厥人皈依伊斯兰教,实现国家伊斯兰化。
喀喇汗王朝皈依伊斯兰教引起了于阗佛教国家的恐慌,同时改信伊斯兰教的过程中出现了不少激进的做法,也引起了佛教徒的不满。962年,于阗趁着喀喇汗在与萨曼王朝周旋,东部兵力空虚的机会,大举入侵喀什噶尔,战争正式爆发,但双方僵持不下,于阗军撤退。此时,于阗国又得到信奉佛教的高昌回鹘的军事援助,占据了一定程度的优势。
969年,于阗军队联合高昌回鹘援军,再次大举进攻,这次于阗取得了胜利,攻占喀什噶尔的数座城镇,缴获了大批珠宝、良马和一头会跳舞的大象(和田文《于阗王尉迟苏拉与沙州大王曹元忠书》)。于阗在喀什噶尔扶植了一个名叫诺古特热西提的佛教首领,并把胜利的消息分别报告沙州统治者曹元忠和北宋王朝。但喀喇汗军队随后反扑,并收复了喀什噶尔的大部分地区。
公元971年左右,穆萨·阿尔斯兰汗之子阿里·阿尔斯兰汗继位,于阗趁新君继位之时再次大举进攻,直达喀什噶尔城下,但锐气正盛的阿里打了一场漂亮的反击战,把于阗军压回喀什噶尔南70余公里的英吉沙一线。在这里于阗军顶住了进攻,但不甘示弱的阿里再出劲旅,一举将于阗军主力驱赶到今叶城县南部山地,双方血战7天7夜谁也无法取胜,不过于阗军损失惨重,逐渐招架不住,最终各自罢兵而归。此后,双方之间的战争消沉了数十年,在此期间喀喇汗王朝将主力部队放在西部,对抗萨曼王朝。喀喇汗军队在战场上逐渐占据优势,最终于公元999年消灭了这个宿敌。
公元995年—996年左右,于阗趁喀喇汗主力西征之际,再次发动进攻,阿里·阿尔斯兰汗在中亚撒马尔罕闻报后,立即火速率军东救。喀什噶尔城下一战,于阗军与暴动的喀什噶尔佛教徒被迫撤退,困守喀什噶尔城之南的艾斯克萨城堡拼死抵抗,这座城位于南边的克孜勒河与东面的吐曼河之间的高地上。喀喇汗军队的主力是重甲骑兵和骑射手,缺少可靠的重步兵,因此缺乏对城堡的攻坚能力;而于阗军又有高昌回鹘所提供的弓箭兵支援,高昌回鹘人箭术高超,极其善射,他们挫败了喀喇汗步兵的进攻,当时阿里命令士兵从上游切断两条河水道断其水源,城中守军只得掘井汲水。喀喇汗军又改用地道战术向城内掘洞,又被城内发觉而挫败。经过长达5个月的攻守战,阿里·阿尔斯兰汗最终获胜,于阗佛军与喀什噶尔佛教首领一起突围杀回于阗。于阗残余部队撤到于阗时,所剩兵力已不足出征时的三成。为防止于阗再次袭来,阿里·阿尔斯兰汗决定从喀喇汗主力中抽调一半兵力,驻守喀什噶尔,另一半兵力仍前往河中地区,同萨曼王朝作战。这一举措虽然算得上合理,但分散主力部队削弱了自身的力量。
公元998年,于阗佛教政权发动了对喀喇汗王朝的最后一次、也是攻势最凶猛的一次进攻,于阗所集结的兵力不下于15万(包括高昌回鹘、甘州回鹘、吐蕃等提供的援军),人数上占据绝对优势,浩浩荡荡的进入喀什噶尔地区。当阿里·阿尔斯兰汗得知于阗军第三次兴兵而来,为了复仇,他愤然挥师南下,再次与敌军对垒于英吉沙--这是喀喇汗伊斯兰王朝与于阗佛教王朝的分界线。在这里,喀喇汗王朝的铁骑与越战越精的佛教大军开始接阵。第一回合,阿里的四叔侯赛因战死沙场。第二战,阿里的二叔艾山又重伤毙命。战场上,血流漂杵,阴风凄厉。悲愤万状的阿里·阿尔斯兰汗在一个惨淡的黎明向敌军发动了第三次猛攻。他亲率主力拼命搏击,在狭窄的阵地上左冲右突,要寻找敌军统帅决一死战。在最后的恶战中,喀喇汗王朝的这位最高统帅与自己的姐姐艾丽努尔公主同时战死疆场。喀喇汗大军几乎全军覆没。接着,于阗大军与东山再起的喀什噶尔暴动的佛教徒们,在鼓钹钟磬声中,把战胜者的大旗插在了喀什噶尔城头。喀喇汗王朝遭受了战争以来最为惨重的一次失利。
公元998年的英吉沙大战,几乎使喀喇汗王朝毁于一旦。在这危难之际,历史把中兴王朝的利剑交到了玉素甫·卡德尔汗的手中。 玉素甫·卡德尔汗是阿里· 阿尔斯兰汗的堂侄,即在公元991年配合阿里·阿尔斯兰汗进军萨曼王朝,而后于993年返回喀什噶尔途中病死的王朝副汗哈龙的长子。公元996年,当阿里·阿尔斯兰汗率军东救喀什噶尔后,玉素甫·卡德尔汗便以战功卓著的王族贵胄身份接手了中亚事务,留守在撒马尔罕一带,同时,喀喇汗王朝在这里还留守了一支强大的军队。他与阿里·阿尔斯兰汗之子阿赫麦德·阿里联手,在稳定中亚局势和开拓王朝西疆的大业中做出了可观的努力。 公元998年伊斯兰教古尔邦节的那一天,由玉索甫·卡德尔汗与阿赫麦德·阿里所率领的王朝西部大军彻底击溃了萨曼王朝残部,俘虏了该国的末代君主,在布哈拉仇敌昔日的皇宫中举行了盛大庆典。但是,就在这喜庆欢呼声中,却传来了王朝大汗阿里的死讯和王都失守的消息。乐极生悲并未给玉索甫·卡德尔汗带来惊慌失措,中亚的辉煌胜利正让他踌躇满志;王朝东部的失利,正是天将降大任进而大展雄图的良机、他深信王朝气数未尽、中兴有日。
优素福·卡迪尔汗遂向中亚各地招募志愿军,从花剌子模、河中、呼罗珊募集了大量士兵,南方的突厥伽色尼王朝也派遣了一支部队,伊斯兰教圣裔、布哈拉宗教首领穆哈伊丁等4位伊玛目所募40000(一说24000)名穆斯林志愿军,也加入了东征行列。总计14—15万的大军翻越帕米尔高原,大败于阗军队,收复喀什噶尔,继而突破库木特热瓦提一带的佛教军防线,攻克叶尔羌(今新疆莎车县)、叶城,但一位伊玛目在此阵亡,直逼于阗城下,于阗首领以及诺古特热西提等人弃城逃跑,退至昆仑山区进行游击战。但玉素甫在此时犯了战术上的错误,他留下大部分兵力驻守于阗城,自己同三位伊玛目亲率少量兵力,贸然进入自身本不熟悉的昆仑山区追击残敌,公元1000年11月11日,战线转移到今策勒县南部山地的波斯坦乡。为了激励穆斯林们的士气·喀喇汗大军在虎视耽耽的敌 军就在附近的情况下,离开战马卸下武器。进行了一次大规模礼拜。于阗佛军当然毫不犹豫如猛虎扑食般冲下山来,打得喀喇汗军一败涂地,这一场鏖战,来自剩下的三位伊玛目全部阵亡,当代在波斯坦乡还能看到有名的“四伊玛目麻扎”。玉素甫·卡德尔汗于是败北而归。这一年多的“圣战”,使喀什噶尔到于阗的千里大道两旁,留下了一座又一座被后人称为“舍依德(圣战殉难之墓)”的麻扎,到当代仍历历在目。
公元1001年(一说1004年,1006年),经过休整恢复,玉素甫·卡德尔汗再发大兵进击于阗国剩下的最后几座城池。在一场激烈的决战之后,于阗王、诺古特热西提等人战败身亡。于阗李氏王朝最终被喀喇汗王朝消灭。经过24年战争,结束了佛教在该地区千余年的统治,喀喇汗王朝疆域由此扩展到了阿克苏地区的库车。优素福·卡迪尔汗成为和田第一位伊斯兰教统治者。此后,伊斯兰教在和田、叶尔羌等塔里木盆地西部和南部各地得以传布。
此次战争扩大了伊斯兰教的传播范围,改变了新疆地区伊斯兰教与佛教力量的对比,巩固了伊斯兰教在新疆的地位。同时,也造成了塔里木盆地西部和南部人口大量死亡,城市被毁,生产力严重破坏,经济衰落。 但喀喇汗王朝随后进行的经济建设,恢复了生产与发展,并兴建了更多城市。