1602年开始, 荷兰摆脱西班牙殖民统治后,成立了 东印度公司,开始了在台湾的侵略活动。 1624年,荷兰提出借用台湾土地,当时的台湾官员以为借用 土地面积不大,竟然欣然应允。荷兰人得寸进尺,修建奥伦冶城作为侵略据点,在修建 热兰遮城的同时,又在台江对面的赤坎修建仓库、住宅、商业区,定名为普罗文查城,后改名为 赤坎楼。以后还在 台江口两侧修造了坚固的堡垒炮台。靠欺骗占领台湾的 荷兰人,对借给他们土地的中国人不仅不领情,反而予以残酷掠夺、镇压,殖民者在台湾犯下了无法饶恕的罪行。
1661年(明永历十五年,清顺治十八年),郑成功攻入台湾,以此楼为指挥部,征讨 荷兰侵略军,尽复台湾失地。从此,赤嵌楼成为具有历史意义的名胜古迹。
1862年(清同治元年)毁于大地震, 光绪年间在废墟上建 文昌阁、 海神庙等,即今日的赤嵌楼。楼内陈列着荷兰人投降的条约书,以及郑成功与荷军作战的海图等珍贵历史资料。城楼下排列着九座巨大 贝屃碑趺的石碑,为 乾隆皇帝所赐,上面刻有乾隆亲撰的碑文。赤嵌楼的楼上,尚有 巨炮及瞭望台的遗迹。楼前广场中心建有郑成功接受荷军献降书的雕塑群像。这受降图是胜利的象征,显示了中华民族的雄风。
1684年台湾归降清朝,成为国家统一体不可分割的组成部分;1895年日军侵占台湾长达50年;直到1945年 日本投降,台湾才重新回到祖国怀抱。从此,赤嵌楼不仅是爱国主义的教育基地,也是台湾南部代表性的风景名胜。
今日的 赤崁楼已完全看不出当年荷兰人所建的『 普罗民遮城』的模样, 文昌阁与 海神庙两座红瓦飞檐的中国传统建筑是赤崁楼的标记,海神庙位于南面,文昌阁位于北面,二者屋顶均是重檐 歇山的表现,重檐之间实即为二楼部分,绕以绿釉花瓶栏杆;文昌阁前的石马后方有一个门洞,就是当年普罗民遮城的大门;赤崁楼分三层,楼上以砖石砌成,有曲折的通道;楼上飞檐雕栏,赤崁城楼下有九只大石龟各负丈余的石碑,是乾隆亲撰 旌表平定 林爽文之乱的御碑。此外还有别处迁来 的断足石马、郑公墓道碑等古物,颇为特别。
另外,赤崁楼还拥有广阔的庭园,除了可供游人散步以外,庭园中也摆设了多项历史文物,其中最引人注目的就是一字排开的御龟碑,驮着碑的其实并非龟,而是龙九个儿子之一,名为『赑屃』,传说中善駄重物,因此常被用来做为碑的底座。
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