二十四年任贵州副考官。道光二年(1822)为云南大理知府。任间禁止当地百姓种植鸦片,劝民种桑播谷,还修筑桥梁,颇有政绩。
道光七年后,历任山东登州、沂州、济南和安徽凤阳知府,山东登莱青道,贵州粮输道、贵州按察使,山西、四川布政使等职。咸丰年间,在贵州、陕西、云南等地镇压农民起义。
咸丰二年(1852),以功升任
云南巡抚,与总督吴文容奏请整顿铜政。四年兼署云贵总督,镇压了兴义、普安等地人民起义。
次年,转任陕西巡抚。当时陕西盐课分摊给地丁,所征课量数倍于前,百姓负担加重,深感困苦。振棫查明事实后,奏请“改行招贩,先课后盐”,获准执行。六年提拔为四川总督。
云南回民和汉民因争夺石洋厂矿,爆发了滇西回民起义。吴振棫奉命任云贵总督,率领川兵进滇,措置云南汉、回民族关系用剿抚并用兼施手段平息了起义,局势暂安。不久,因病离职。
同治元年(1862)后,在陕西与巡抚瑛桂会办军务。
1868年(同治七年)还乡,在敷文书院讲学。
1871年(同治十年)卒。