史书第一次提到他是679年,当时他在 尚书省任左司郎中。他仗着唐高宗恩宠,多行不法,欺压同僚,遭到 侍御史 狄仁杰弹劾,高宗本想放过他,但狄仁杰坚持己见,指出唐朝并不缺少和王本立一样才干的人。高宗让步了,同意处罚王立本。683年, 东突厥可汗 骨咄禄袭击邻近的单于总督府,俘杀司马张行师。此时王本立任 胜州 都督,高宗命他和 夏州都督 李崇义一同防御东突厥进攻,但史书没有记载下文如何。
就在683年,唐高宗驾崩,太子 李哲继位为 唐中宗,但武皇后(即后来的 武则天)以太后摄政,掌握实权。684年春,中宗表现出独立执政的迹象,被武后废黜,改立其弟豫王 李旦为帝,即 唐睿宗,她本人愈发掌控实权。687年,武后信任的谋士 刘祎之被弹劾收受契丹首领 孙万荣贿赂及与已故宰相 许敬宗妾通奸。史书则暗示刘祎之被弹劾是因为武后收到举报称他希望她还政睿宗,被武后视为叛徒。武后命时任 肃州刺史的王立本调查此事。当王本立到刘祎之府上宣读武后的敕令时,刘祎之说:“没有经过凤阁鸾台签署的怎么能叫敕令?”王本立回报武后,武后大怒,赐刘祎之自尽。
688年,王本立任夏官侍郎,授同凤阁鸾台平章事,为实质宰相。次年,他的宰相衔又被升为同凤阁鸾台三品。当他在690年春罢相改任 地官尚书时,被称作“宰相、左肃政大夫”。仅1个月后,他就死了——《 资治通鉴》没有记载他的死因,但《新唐书本纪第四 则天皇后》称他是被处决的。
《新唐书》卷七十二·表第十二 宰相世系二
《新唐书》卷四
《 资治通鉴》卷二百零二、卷二百零三、卷二百零四