第二次英国——马拉塔战争于1803年8月初开始了。马拉塔军队除法国人训练的4万人外,总数为25万人,而英国人在印度各地的军队约为5.5万人。英国军队尽管数量上处于劣势,但韦尔斯利战前对这场战争作了充分的准备:对迈索尔和苏拉特等王国采取了措施;同盖克瓦尔和奥德缔结了相应的条约;通过《巴塞因条约》为制胜那个联盟提供了有效的手段等等,这些都给英国人的作战以有力的影响。英国人决定全面攻击敌人,战争在德干、印度斯但两个主要中心和古吉拉特、本德尔汗德和奥里萨三个次要中心进行。战争证明法国人所训练的马拉塔人战斗队不大中用,欧籍军官大多数背离了马拉塔王国。马拉塔还犯了一个错误:抛弃了前辈的骚扰战术,采取了西方的作战方法,把战争的胜利寄托在外国人的身上,结果很快就失败了。
在主要作战中心之一——德干战场,1803年8月,英军3.4万人从北、南两路侵入马拉塔,瓜廖尔和那格浦尔军队奋起抵抗。9月3日,北路英军攻占阿里格尔,强渡朱木拿河,16日占领德里和阿格拉。辛迪亚派援军北上,11月1日在拉斯瓦里被英军击溃,损失7000人。南路英军阿瑟·韦尔斯利(威灵顿)于同年9月在阿萨耶战役取得了“比德干历史上任何一次都更为漂亮的胜利”,继而占领了布尔汉普尔和阿西尔加尔两个地方。稍事休整,11月在阿尔冈等地击败瓜廖尔、那格浦尔联军。接着便又占领了加维尔加尔的坚固要塞。
在主要作战的另一个中心——印度斯但战场,1804年,英军全力进攻印多尔王国。该王国统治者J.R.霍尔卡尔开展游击战,8月在穆昆多拉隘口打败英军1.2万人,10月包围德里。印军占领了维里和亚格拉。英军在德里战役中一举打败了马拉塔联邦中的辛迪亚北方军队,歼灭印多尔军队24个步兵营。接着,又在阿尔瓦尔邦的拉斯瓦里打败了北方军队。 11月13日,英军攻占迪格要塞,1806年1月,霍尔卡尔被迫同英国签订丧权割地的和约。
与此同时,三个次要作战中心的英军也相继打败了马位塔联盟,获得了进一步的胜利。
五个月的战争,马拉塔联邦中的辛迪亚和邦斯莱损失惨重,不得不与英国签订两个和约。按照1803年12月17日签订的《德奥冈条约》,邦斯莱罗阁将库塔克省(包括巴拉索尔及它在瓦尔达河以西的全部领土)割让给英国人。从此,若是他和尼扎姆或佩什瓦发生任何争执,均应由英国人仲裁;而且,“非经英国政府准许,不得聘用任何非欧洲人、美洲人或和英国人作战的国家的人民或任何非英国籍臣民”,并限据它的同意,保持一位英国驻扎官在其身边。12月30日,英国同辛迪亚签订了《苏尔吉——阿尔金冈条约》,条约规定把恒河和朱木拿河间他所有的领土,以及它的位于斋浦尔、乔德普尔及戈哈德三个拉杰普特族公国以北的要塞和硕士割给战胜者。在西面,它将艾哈迈德纳加尔、布罗奇及他所有的阿腐陀丘陵以西的领土割让给英国。它还放弃了向莫卧儿皇帝、佩什瓦、尼扎姆和英国政府提出要求的一切权利;答应未经英国人允许,它手下不得任用敌对国家的欧洲人及英国籍的臣民;并在它的朝廷派驻了一个驻扎宫。根据1804年2月27日签订的另一项条约,辛迪亚加入了军事援助同盟。依据该盟约,将有一支6000人的防御部队从内地调往边境。作为尼扎姆对英国人效忠的酬答,它从贝拉尔罗阁的旧领地中获得一直到纳尔努拉和加维尔加尔以南及瓦尔达河以西的所有领土:另外还从辛迪亚的领土上取得了阿腐陀丘陵以南的县份。
第二次英国——马拉塔战争的结果,英国人把在马德拉斯和孟加拉的领土连接起来了,而且还向其他方向扩展,挂名的莫卧儿皇帝已处于他们的保护之下,他们还同乔德普尔、斋浦尔、马切里、邦迪各土邦及巴拉特普尔的贾特族王国缔结了同盟条约。由法国人训练的、为马拉塔人服役的军队被清除了。同时,孱弱的尼扎姆和佩什瓦更加依附于英国。英国的胜利出乎总督韦尔斯利的预料,他直言不讳地说:“我声明,就以我最乐观的想法,我也不敢想往我的计划能一下子完成得这样迅速,这样稳妥。”
18世纪最后25年,马拉塔已开始丧失了一个强国成长所需的一切要素,所以不能从19世纪初叶的英国中立政策中得到一点好处。当时,所有马拉塔各土邦的政治和管理情况,都陷于绝望的紊乱与黑暗中,他们的经济情况也毫无令人满意之处。马拉塔的酋长们,甚至包括佩什瓦(他是靠英国人的帮助才回到宝座上的)在内,表面上虽然对英国人友好,但在内心深处却孕育着对英国人的猜忌和敌视的情绪。鉴于马拉塔三个酋长们中没有一个能够公开反对英国人,佩什瓦密谋重新建立一个马拉塔酋长的联盟以反对英国人,并开始与这些酋长以及帕但酋长阿米尔汗和平达里人谈判,他们还试图加强军队的实力和效率。
英国人并没有忘记采取果断的措施来遏制佩什瓦的图谋。英国新任印度总督黑斯廷斯侯爵到任之后,彻底改变了英国的中立政策,新总督决心“要使英国政府实际掌握最高权位,即或不公然这样”,并“要将其他各土邦作为实质上的藩属,即或名义上不是这样”。总督指令要限制佩什瓦的权力,诱使巴吉·拉奥签订了《浦那条约》。根据条约,佩什瓦必须放弃马拉塔联盟领导者的身份;对盖克瓦尔提出的要求减至40万卢比,并答应不再向他提出更多的要求;并把孔坎及若干重要堡垒交给英国人。英国人还强迫辛迪亚、邦斯莱和一些土邦缔结了一系列的条约。这些条约大大加强了英国人的势力而损害了马拉塔人:条约严重打击了佩什瓦的权力和威望;制止辛迪亚对拉杰普特族各土邦的要求,它们已落入英国人的控制之下;牺牲了那格浦尔的独立。但是,没有一个马拉塔酋长真正甘心失去他们的独立,他们完全同情佩什瓦想使自己从英国人控制下解放出来的愿望,于是,第三次英国——马拉塔战争爆发了。
佩什瓦在英国和辛迪亚签订军事援助同盟条约的那一天,劫掠与焚毁了在浦那的英国驻扎宫的宫邸,出动27000人的部队袭击基尔吉的英国军队。英国军队只有2800人,但却打败了佩什瓦的军队。几乎与此同时,那格浦尔、霍尔卡尔发动武装起义,奋而攻击英国人,先后都被英国人打败了。1817年,英军(12万人、火炮300门)组成南北两个兵团,发动全面进攻。巴吉·拉奥二世率军2.7万人迎战,连连受挫,1818年6月被迫投降。其他王公或不战而降,或稍作抵抗便放下武器。。至此,即使在最坏的日子里,一直被当作马拉塔民族统一象征的佩什瓦的职务被废除了。马拉塔联盟彻底瓦解,英国完成了对中印和西印的征服。英国人在战争中把位于纳尔马达河北岸的一些县份并入英国版图。在同霍尔卡尔签订的《曼达索尔条约》中,将所有纳尔马达河以南的地区割让给英国人,答应在这块领土上供养一支英国的援军,在他的对外关系上接受英国人的仲裁,并承认一个雇佣的军官阿米尔汉为通克的纳瓦卜。从此,一个英国驻扎官就在印多尔长期住下了。