石山包围战的后期,坚决反对与信长和睦,1580年4月9日父亲与信长达成和睦退出石山城后,教如向杂贺的铃木家发出援助请求,决意与信长作战。因此与父亲发生激烈争吵。甚至不惜与显如断绝父子关系。在显如的强制命令下,9月教如退出石山城,到纪伊鹭森开始隐居。父亲死去的第二年(1593),秀吉召见了已是新法主的教如和母亲如春尼,就本愿寺法主继承的问题提出了11条意见。中心思想就是希望教如能将法主继承权让给弟弟顺如。教如接受了秀吉的提议。但此时又发生了分歧。据母亲如春尼说,显如在死前曾指示教如的另一个弟弟准如继承法主。并出示了显如的授权书状。 结果教如又遵父命将法主之位传给准如。而后教如在德川家康的支持下脱离西本愿寺并于西本愿寺附近另立东本愿寺。其中西本愿寺为正统,称真宗本愿寺派;东本愿寺称为真宗大谷派。
庆长十五年(1614)10月5日,教如在六条的乌丸去世。享年五十六岁。