源实朝被暗杀以后,赖经因为与源赖朝有亲缘关系而被迎往镰仓,并在平定承久之乱以后就任镰仓将军,但是幕府的实权却掌握在执权北条氏的手中。
北条泰时死后,宽元二年(1244年)赖经被迫离职出家,将军职位让渡给了嗣子九条赖嗣。之后赖经居留于镰仓,被称之为“大殿”。
宽元二年(1244年)四月,在遥远的关东镰仓突然发生了一起动乱(宫骚动)。前将军九条赖经、名越光时为首的反执权派在与新任执权北条时赖的斗争中失败。北条时赖先发制人,于七月将九条赖经送还京都,此后九条赖经于潦倒中殁去。